莢膜(Capsule)
許多細菌胞壁外圍繞一層較厚的粘性、膠凍樣物質。大多數細菌(如肺炎球菌、腦膜炎球菌等)的莢膜由多糖組成。莢膜除對鑒別細菌有幫助外，還能保護細菌免遭吞噬細胞的吞噬和消化作用，因而與細菌的毒力有關。莢膜抗吞噬的機理還不十分清楚，可能由于莢膜粘液層比較光滑，不易被吞噬細胞捕捉之故。莢膜能貯留水分使細菌能抗干燥，并對其他因子(如溶菌酶、補體、抗體、抗菌藥物等)的侵害有一定抵抗力。
鞭毛(Flagllum)
在某些細菌菌體上具有細長而彎曲的絲狀物，稱為鞭毛。鞭毛是細菌的運動器官，往往有化學趨向性，常朝向有高濃度營養物質的方向移動，而避開對其在害的環境。
菌毛(Pilus)
菌毛是許多革蘭氏陰性菌菌體表面遍布的比鞭毛更為細、短、直、硬、多的絲狀蛋白附屬器，也叫做纖毛(Fimbriae)。菌毛與運動無關。菌毛可分為普通菌毛(Commonpilus)和性菌毛(Sexpilus)兩種。
芽胞(Spore)
在一定條件下，芽胞桿菌屬(如炭疽桿菌)及梭狀芽胞桿菌屬(如破傷風桿菌、氣性壞疽病原菌)能在菌體內形成一個折光性很強的不易著色小體，稱為內芽胞(Endospore)，簡稱芽胞
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