寄生蟲分類的目的是認識蟲種并反映各種寄生蟲之間的親緣關系，追溯各種寄生蟲演化的線索，比較全面而準確地認識各個蟲群和蟲種，并了解寄生蟲和人類之間的相互關系。
根據動物分類系統，人體寄生蟲分隸于動物界(Kingdom Animalia)的無脊椎動物中的扁形動物門(Phylum platyhelminthes)、線形動物門(phylum Nemathelminthes)、棘頭動物門(Phylum Acanthoce-phala)與節肢動物門(Phylum Arthropoda)，及單細胞的原生動物亞界(Subkingdom Protozoa)中的肉足鞭毛門(Sarcomastigophora)、頂復門(Api-complexa)和纖毛門(Ciliophora)。
寄生蟲的學名按動物的命名，系用二名制名或亞種名之后者的姓與命名年份(論文正式發表的年份)。學名用拉丁文或拉丁文化的文字。例如，溶組織阿米巴(Entamoeba histolytica Schaudinn，1903);惡性瘧原蟲[Plasmodiumfalciparum(welch，1987)Schaudinn，1902]，表示 Schaudinn(1902)又確定此學名。
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