食品科技學院淵源于1921年成立的東南大學農產制造門和1927年創辦的中央大學農產制造系、食品工業系，1952年食品工業系與浙江大學農化系、江南大學食品系合并到南京工學院，保留的部分師資并入南京農學院農學系和園藝系。1985年學校在全國農業院校中率先成立了食品科學系，1996年成立了食品科技學院。
學院擁有博士學位食品科學與工程一級學科授予權，1個博士后流動站，1個國家重點（培育）學科，1個江蘇省一級學科重點學科，1個江蘇省二級學科重點學科，2個校級重點學科，6個博士點，5個碩士點。擁有1個國家工程技術中心、1個中美聯合研究中心，1個農業部重點開放實驗室，1個教育部重點開放實驗室，1個江蘇省工程技術中心，7個校級研究室。擁有1個省級實驗教學示范中心，2個院級教學實驗中心（包括8個基礎實驗室和3個食品加工中試工廠）。學院下設食品科學與工程、生物工程、食品質量與安全3個系，下設的食品科學與工程、生物工程、食品質量與安全3個本科專業，分別被評為國家級、省級特色專業，食品科學與工程2012年入選江蘇省重點專業。目前在校本科生750多人，研究生400余人。
學院現有教職工60余名，其中教授20人，副教授21人，博士生導師18人，碩士生導師34人，具有博士、碩士學位的教職工占90%以上，2002年被評為江蘇省高校“青藍工程”省級優秀學科梯隊。
新世紀以來，學院先后承擔和完成國家自然科學資金、國家“863”、國家科技支撐項目、部省級課題及橫向課題研究150余項；榮獲國家和部省級科技進步獎30多項，獲國家專利80多項，在國際學術刊物上發表論文600余篇（其中500余篇被SCI、EI等收錄和引用），國內學術刊物上發表論文1000余篇，出版專著10余部，教材20余部。國家一級學會----中國畜產品加工研究會掛靠在本院。學院注重科研成果的開發與轉化，先后在江蘇、浙江、福建、河南、安徽、北京、江西等地取得了顯著的社會效益和經濟效益。
學院注重拓展海內外科技合作關系，曾多次承辦國內外大型學術會議，接待美國、日本、加拿大、荷蘭、澳大利亞、韓國等專家教授前來講學，和法國里爾科技大學、法國巴黎高科、俄羅斯圣彼得堡工程大學建立交換留學生關系。除學校所設的各類獎學金外，一批在食品界有影響的公司也在學院設立了雨潤、東方生工、益生園等獎學金和獎教金。
食品科學與工程
A培養目標：本專業培養具有化學、生物學、食品工程和食品技術知識，能在食品領域內從事食品生產技術管理、品質控制、產品開發、科學研究、工程設計等方面各項工作的食品科學與工程學科的工程技術人才。
B培養對象：本科，四年，授予工學學士學位。
C主要課程：有機化學、生物化學、食品化學、微生物學、化工原理與設備和食品技術原理。
D就業情況：就業率96％以上，去向主要是在食品科技領域內從事食品生產技術管理、品質控制、產品開發、科學研究、工程設計等工作。
生物工程
A培養目標：本專業培養掌握生物技術及其產業化的科學原理、工藝技術過程和工程設計等基礎理論、基本技能，能在生物設計與工程領域從事設計、生產、管理和新技術研究、新產品開發的工程技術人才。
B培養對象：本科，四年，授予工學學士學位。
C主要課程：有機化學、生物化學、微生物學、化工原理、生化工程、生物工藝學、發酵設備。
D就業情況：就業率96％以上，去向主要在生物工程及產業化領域從事設計、生產、管理和新技術研究、新產品開發等工作。
食品質量與安全
A培養目標：本專業培養具備現代食品安全與質量控制基本理論和基本技能，能從事農畜產品、水產品及加工制成品的安全質量控制和監督管理、食品安全研究和管理工作的高級復合型人才，同時也為食品安全及相關學科研究生培養輸送后備力量。
B培養對象：本科四年，授予工學學士學位。
C主干課程：生物化學、微生物學、現代儀器分析、HACCP原理與應用、食品質量管理學、分子生物學檢測技術、食品安全控制技術、專業大實驗、食品衛生毒理學、現代食品分析技術。
D就業情況：就業率96%以上，主要從事農產品、畜產品和水產品質量檢測與安全控制，無公害食品、有機食品生產及管理監督等工作。
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