自動化工程系是廣東水利電力職業技術學院2011年由電力工程系拆分設置的教學部門，目前，開設有電氣自動化技術、電子信息工程技術、檢測技術三個專業，在校學生500多人。其中電氣自動化技術專業于2000年設置并招生，是學院開設最早的專業之一。
自動化工程系現有專任教師10人及教輔人員7人。專任教師副教授或高級工程師以上職稱5人，其中教授1人、副教授3人、高級工程師1人；中級職稱5人，其中講師5人，工程師1人（為雙職稱）；博士1人、碩士研究生6人。專任教師中相當部分人員取得了電工技師資格，具備“雙師型”素質。
自動化工程系依據專業教學需要，建設了設備較為完善的專業實訓場，有PLC實驗室、電力拖動、機床電氣、全集成自動化、單片機、傳感器、電力電子、現代電子等8個實訓場。此外，自動化系與省內行業企業單位建立了多個校外實訓基地。
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