基礎醫學院前身為基礎醫學課部，原成立于1984年，下設中醫基礎理論、中醫診斷學、方劑學、醫史文獻與各家學說、解剖學與組織胚胎學、生理學、病理學、病原生物學與免疫學、生物學、生物化學、預防醫學等11個教研室及1個醫學基礎實驗教學中心。有《中醫基礎理論》、《中醫診斷學》、《中醫各家學說》、《醫用生物學》、《方劑學》、5門省級精品課程；《病原微生物與寄生蟲學》、《醫學免疫學》、《》3門學院精品課程。中醫基礎理論、中醫診斷學、方劑學、中醫醫史文獻與各家學說及中西醫結合基礎5個學科分別于2003年和2005年被國務院學位辦批準為碩士學位培養點，并從2004年開始招收碩士研究生，現有碩士生導師21人。
一、師資隊伍
基礎醫學院擁有一支思想素質好、學術水平高、結構比較合理的師資隊伍。現有專任教師77人，其中教授人，副教授人，占39.47%；講師29人，占38.16%；助教17人，占22.37%。具有博士、碩士以上學位教師41人，占55%，其中具有博士學位的教師3人，占專任教師總數的4%，具有碩士學位的38人,占專任教師總數的51%。在職教師攻讀博士5人、攻讀碩士學位10人。實驗技術人員15人，其中高級實驗師1人，實驗師4人，助理實驗師8人，高級實驗技工2人。我部教師中享受國務院政府特殊津貼專家1人，甘肅省政府參事2人，1人入選“甘肅省名中醫”，1人入選甘肅“555”創新人才工程第二層次。78人次被評為全國、省級、院級先進個人，其中榮獲全國首屆“中醫藥傳承特別貢獻獎”及“2005-2006年度全國社會服務工作突出貢獻獎”各1人；2人分別榮獲全國教科文衛體系統“優秀工會工作者”和全國優秀共青團干部；1人榮獲甘肅省“老教授興隴貢獻獎”；1人榮獲甘肅省優秀女科技工作者；3人榮獲全省高校青年教師成才獎；1人榮獲全省高等學校招生工作先進個人；1人榮獲省優秀青年及省青年科技創新優秀獎。榮獲甘肅省參事建議二等獎1項。1人被甘肅省教科文衛工會評為“甘肅省師德標兵”，2人被評為學院“師德先進個人”。
二、教學基礎條件
基礎課部所屬醫學基礎實驗教學中心是我院各專業本、專科學生及碩士研究生等基礎醫學實驗教學的主要基地。總面積2629.2m2，其中實驗教學用學生實驗室28間，面積1960m2，實驗教學輔助用房560m2。200.00元以上教學儀器設備有1863臺套，總價值359.5萬元，其中800.00元以上教學儀器設備1126臺套，價值331.5萬元；完好率達95％以上。
三、課程建設與教學改革
基礎課部一貫重視課程建設與教學改革。2005年和2006年系部組織各教研室對所承擔的必修課程按照《甘肅中醫學院課程指標體系評估方案》進行了自評自建，所有課程均達到合格標準，同時經過系部教學工作指導委員會評審，確定《中醫基礎理論》、《中醫診斷學》、《方劑學》、《醫用生物學》、《中醫各家學說》、《微生物與寄生蟲學》和《醫學免疫學》7門課程為系部優秀課程，在此基礎上，《方劑學》、《微生物與寄生蟲學》和《醫學免疫學》3門課程已被評為院級精品課程，《中醫基礎理論》、《中醫診斷學》、《中醫各家學說》》和《醫用生物學》4門課程被評為省級精品課程。同時鼓勵教師從事教學研究與教學改革，并積極申報教改項目。近年來，我部承擔了“強化解剖學實驗教學、建立人體標本館”、“基礎醫學教學實驗室功能性整合及運行體系的建立”、“病原生物學與免疫學實驗考核體系的建立”等30項教學研究項目。榮獲甘肅省教學成果1、2等獎各1項，教育廳級教學成果獎3項，學院教學成果獎14項；撰寫了教學管理和教學研究論文44篇，其中8篇在學院第1、2、3屆教學改革與教學研究學術討論會中進行大會交流。基礎課部廣泛動員專業技術人員積極申報各級各類科研課題。2003-2006年，基礎課部教師立項科研課題77項，通過省級鑒定課題41項，獲獎11項；在國內外學術期刊發表科研論文203篇，編著出版科技專著、教材35部。
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