第二臨床醫學院前身是籌建于2000年4月的浙江中醫學院醫學系(籌)，2004年7月正式組建浙江中醫學院醫學系，與附屬第二醫院(浙江省新華醫院)實行“院系合一”的辦學模式。2006年隨學校更名為浙江中醫藥大學第二臨床醫學院。學院擁有一批行業內領軍人物，其中作為浙江省臨床醫學專業指導委員會副主任委員單位、全科醫學教育副主任委員單位，具有一批具有較高學科學術水平、專業特色突出、知識結構合理的教師人才隊伍。擁有正高職稱人員68人，副高職稱人員47人，中級職稱人員33人，博士學位人員所占比例36.4%。入選省“151”人才2人，廳局級重點學科帶頭人4人;在國家級臨床醫學及教育相關學術團體中兼任重要職務7人次，省級臨床醫學及教育相關學術團體中兼任重要職務8人次。2001年，在省內較早獲得內科學碩士學位授予權，位列省屬院校第二。2011年取得臨床醫學一級學科碩士學位授予權，是全國中醫院校中唯一獲得一級學科碩士學位授予權的院校。
學院堅持“以學生為中心”的辦學思想，遵循“醫德教育為先導，能力培養為重點，素質提升為核心，崗位勝任為目標”的辦學理念。著力培養具有良好的思想道德和職業素養，具備初步的臨床能力、終身學習能力和進一步深造的基礎，能在衛生保健機構上級醫師的指導與監督下，提供安全有效醫療實踐的應用型人才。力爭將臨床醫學專業建設成為具有較高人才培養質量和良好社會聲譽，符合浙江省衛生事業和經濟社會發展需要的優勢專業。
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