南京農業大學外國語學院的前身是南京農學院基礎課部外語教研室，1993年成立外語系，1996年歸入人文學院，分設英語系、日語系。2001年12月成立外國語學院。2000年獲準建立日語專業碩士點，并于2002年開始招生。2003年獲準建立英語專業碩士點，并于2004年開始招生。
外國語學院是南京農業大學最年輕的學院之一，但在全國農業院校中是最早創辦英語和日語專業、最早獲準建立日語語言文學和英語語言文學碩士點并招收碩士研究生的學院，是江蘇省高校外語教學研究會常務理事單位、全國農業外語教學研究會副會長單位、全國農科研究生英語教學研究會理事長單位、江蘇省日語教學研究會會長單位、中國日語教學研究會常務理事單位。
學院下設三個系（部）——英語系、日語系、公外教學部（分公外一系、公外二系、公外三系），兩個研究所——英語語言文化研究所、日語語言文化研究所，一個校級外語教學實驗中心和一個外語培訓中心。
2013年在編專任教師74人。教授6人，副教授23人，高級職稱教師的比例為29.7%。研究生以上學歷60人，其中具有博士學位8人。
2013年，全院現有在校本科生655名（英語系學生333名，日語系學生340名），碩士生90名（英語專業碩士研究生60人，日語專業碩士研究生30人）。
學院除承擔英語系和日語系本科生和研究生的專業課程以外，還承擔全校大學外語和碩士、博士公共外語教學。我院本科教學不斷創新，改革教學內容，改進教學方法，完善教學體系，取得了課程建設的顯著成績。日語語言文學專業是校級特色專業和校級重點學科，“大學英語”和“日語泛讀”是校級精品課程，“英語語法”2006年被列入校級重點課程?！按髮W英語”2004年被評為省級一類優秀課程。
科研工作也取得了在同類重點大學中比較突出的研究成果。近五年來，出版學術專著、教材和工具書等40余本；發表學術論文近300篇，在外語類權威刊物《外語教學與研究》發表的文章數量為全國農業院校第一。近五年來承擔各類課題40多項。
在外國語學院成立后，學校加大對外語教學條件建設力度，校級“外語教學實驗中心”擁有16個語言教學實驗室，共1044座。建設有“南京農業大學外語學科課程平臺”，滿足學生自主學習外語的需要（網址：wgy.njau.edu.cn）。學院圖書資料室現有藏書近20000冊；國內期刊35種，2005年首次訂閱外語類國際重要期刊17種。2003-2005年購置圖書10,834冊，2006-2009年購置圖書4，156冊，總投資近30萬元。
我院畢業生就業率歷年來保持在較高水平。畢業生考研錄取率較高，多名學生考入或保送到國內外知名大學。日語專業畢業生有留學日本大阪大學、筑波大學等大學；在北京外語大學日研中心、上海外語大學、東南大學、吉林大學等大學攻讀碩士學位；英語專業畢業生近年來有多名學生考取或保送到北京大學、南京大學、上海外國語大學、北京外交學院、北京廣播學院、西南政法大學等全國重點大學深造；部分學生獲得留學資助。部分學生考入重點大學的經濟管理、教育、傳媒等跨學科專業，攻讀碩士學位。
幾年來，在學校領導和兄弟學院的關心和支持下，全院職工群策群力、辛勤耕耘、不懈努力，學院的各項工作都取得了長足進展，“十一五”期間完成了從本科教育向碩士研究生教育的一大跨越，“十二五”期間將朝著由教學型學院向教學研究型學院目標發展。
英語語言文學
A培養目標：本專業培養具有扎實的英語語言基礎和比較廣泛的科學文化知識，能在外事、經貿、文化、新聞出版、教育、科研、旅游等部門從事翻譯、研究、教學、管理工作的英語高級專門人才。
B培養對象：本科，四年，授予文學學士學位
C主要課程：綜合英語，高級英語，英語報刊選讀與新聞編輯，聽力，口語，寫作，英漢互譯，語言學導論，英美文化，英美文學，詞匯學，翻譯鑒賞、經貿英語閱讀等。
D就業情況：就業率100%，去向主要是外事、經貿、文化、新聞出版、教育、科研、旅游等部門從事翻譯、研究、教學、管理工作。
日語語言文學
A培養目標：本專業培養具有扎實的日語語言基礎和比較廣泛的科學文化知識，能在外事、經貿、文化、新聞出版、教育、科研、旅游、法律等部門從事翻譯、研究、教學、管理工作的日語高級專門人才。
B培養對象：本科，四年，授予文學學士學位
C主要課程：日語精讀，日語泛讀，日語聽說，日譯漢，漢譯日，寫作，日語社會語言學，比較語言學，日語語法理論，日文選讀，日本概況，日本文學、日本商法等。
D學生就業情況：就業率100%，去向主要是外事、經貿、文化、新聞出版、教育、科研、旅游等部門從事翻譯、研究、教學、管理工作。
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