金融學院成立于2012年10月，其前身為南京農業大學經濟管理學院的會計與金融系。南京農業大學金融學和會計學的教學研究歷史悠久，早在20世紀初期卜凱教授就開始從事農業保險的調查研究工作。1985年，南京農業大學開始招收農村金融專業的本科生，是江蘇省最早招收金融方面本科生的高等院校。20世紀80年代開始招收農村金融方向和會計審計方向碩士研究生，1998年取得金融學專業碩士學位授予權，2004年取得會計學專業碩士學位授予權，2002年開始招收農村金融專業博士生，2010年在應用經濟學一級學科下設金融學專業博士點。
金融學院目前擁有金融學專業博士、金融學碩士、會計學碩士、金融專碩、會計專碩、MBA等多層次的研究生培養體系，曾經專門為中國農業銀行總行、中國人民銀行南京分行等舉辦金融學碩士班，為政府有關部門、銀行、保險公司、證券公司、會計審計事務所等培養了眾多高層次的金融、會計和審計方面的專業人才。
金融學院現有金融學和會計學兩個本科專業，其中金融學專業是江蘇省品牌專業，會計學專業是江蘇省特色專業，2012年金融學專業和會計學專業又成為江蘇省重點建設專業。
金融學院現有專職教師及研究人員總計20多人，其中教授8人，副教授8人，80%以上擁有博士學位，具有較高的教學水平和研究能力。
金融學院教師依托江蘇省高校哲學社會科學重點研究基地——江蘇省農村金融發展研究中心、南京農業大學中國金融和區域經濟研究中心、南京農業大學財政金融研究所等研究平臺開展研究工作。近幾年來，本院教師主持國家社科基金重大項目、國家自然科學基金、國家社科基金、教育部、農業部、世界銀行等各種省部級以上課題80多項，在《管理世界》、《金融研究》、《經濟學季刊》、《中國農村經濟》等核心刊物上發表研究論文200余篇，獲得省部級等各種獎勵20多項。
金融學
A培養目標：本專業培養具備金融學方面的理論知識和業務技能，能在銀行、證券、投資、保險及其他經濟管理部門和企業從事相關工作的專門人才。
B培養對象：本科，四年，授予經濟學學士學位。
C主要課程：微觀經濟學、宏觀經濟學、公共經濟學、貨幣銀行學、國際金融、投資學、保險學原理、商業銀行管理學、中央銀行學、公司金融、風險投資、金融工程學、期貨交易基礎、計量經濟學等。
D就業情況：就業率100%，去向主要是在銀行、證券、投資、保險及其它經濟管理部門和企事業單位工作。
會計學
A培養目標：本專業培養具備管理、經濟、法律和會計等方面的知識和能力，能在企、事業單位及政府部門從事會計實務以及教學、科研方面工作的應用型、復合型專門人才。
B培養對象：本科，四年，授予管理學學士學位。
C主要課程：管理學、微觀經濟學、宏觀經濟學、管理信息系統、統計學、基礎會計學、財務管理、市場營銷、經濟法、財務會計、成本會計、管理會計、審計學等。
D就業情況：就業率98.5%，主要到企、事業單位及政府部門從事會計實務以及教學、科研方面工作。
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